Pécs egyik legnevezetesebb oktatási intézménye a város főterén áll, alapítása a török kiűzése utáni időkre nyúlik vissza. A jezsuiták nyitották meg az iskolát 1687-ben, majd 1724-ben elkezdték a ma is álló kollégiumuk felépítését. Miután a pápa döntése nyomán 1773-ban feloszlatták a jezsuita rendet, a fenntartása néhány évtized múlva a ciszterci rendhez került. Olyan nevezetes személyek oktatták a diákokat, mint Faludi Ferenc költő vagy Pray György és Szalágyi István történész.
A pécsi ciszterci gimnázium tanárai később is híresek voltak tudományos munkásságukról. Békefi Remig (1858-1924) kisebb megszakításokkal 1880 és 1893 között volt az intézmény tanára. Sikeres pályája során egyetemi tanár, akadémikus, végül zirci apát lett. Akadémiai székfoglalóját A pécsi egyetem címmel tartotta, 1908-ban választották a Magyar Tudományos Akadémia rendes tagjává. Pécsett jelentek meg a cisztercita apátságok történetét feldolgozó könyvei, melyekben a források gondos elemzését régészeti munkával társította.
Ágh Timót (1862-1941) a pécsi ciszterciek gimnáziumában földrajz- és természetrajztanár 1889-1900 között. Pécs természeti, gazdasági és kulturális jellemzőit dolgozta fel könyveiben, közülük legismertebb az Emléklapok Pécs sz. kir. város múltjából, jelenéből, mely 1894-ben jelent meg a Taizs nyomdában. A Mohácsnál elesett pécsi diákok legendájáról így írt:
A pécsi püspöki könyvtárban őriznek egy zászlónyelet, rajta kevés foszlánnyal. Úgy tartják, hogy a 300 pécsi egyetemi hallgató eme zászló alatt esett el Mohácsnál. Íme, Timon és Szerdahelyi művei még hagyományt is teremtettek, szemléletes példájául a történeti mesék keletkezésének!”
A pécsi egyetem. Budapest, 1909. 53. old.
Szőnyi Ottó (1876-1937) ugyancsak a neves gimnázium diákja volt, ott érettségizett 1894-ben. A szeminárium elvégzése után pappá szentelték, 1906-tól a joglíceum tanára, levéltáros, 1909-től a pécsi Városi Múzeum igazgatója, az ókeresztény kor jeles kutatója, a cella trichora feltárója. Művészettörténészként kutatta a pécsi székesegyház történetét, eredményeit A Pécsi Püspöki Múzeum kőtára c. könyvében tette közzé.
Szőnyi Ottó a Klimo Könyvtárban 
A belvárosi plébániatemplom – Illusztráció Szőnyi Ottó útikönyvéből 
Székesegyház – Illusztráció Szőnyi Ottó útikönyvéből 
Egyetemi Könyvtár – Illusztráció Szőnyi Ottó útikönyvéből 
Az ókeresztény sírkamra – Illusztráció Szőnyinek A pécsi püspöki múzeum kőtára c. könyvéből 
Klimo püspök sírköve – Illusztráció Szőnyinek A Pécsi Püspöki Múzeum kőtára c. könyvéből
Pécs iránti mély szeretetének az 1920-as években több kiadást megért útikönyve bevezetőjében így adott hangot:
Az üde zöld síkságból kiemelkedő magas hegység oldalából kidudorodó dombok sorára felkapaszkodó házak tarka tömege, melyből a tornyok lándzsái merednek az égbolt felé, a város mögött tovább emelkedő dombok szőlőkertes halványzöld szőnyege és végül az egészet megkoronázó Misina-hegy és kelet-nyugati nyúlványainak haragoszöld foltjai remek együttest adnak, úgyhogy nincs mit csodálkoznunk azon, ha Szulejmán szultán a hagyomány szerint így kiáltott fel: „Földi paradicsom”, s a szállóigének is van értelme: »Magyarnak Pécs, németnek Bécs«.”
Útmutató a városban és a környéken. Pécs, é. n. III. old.
Irodalom:
Ágh Timót: Emléklapok Pécs sz. kir. város multjából és jelenéből. Pécs, 1894.
Nagy Imre: Öttorony: a pécsi irodalmi műveltség a kezdetektől a huszadik századig. Pécs, 2013.
Szőnyi Ottó: Pécs: Útmutató a városban és a környéken. Pécs, é.n.
Szőnyi Ottó: A Pécsi Püspöki Múzeum kőtára. Pécs, 1906.
Virtuális kiállítás vitrinek
Kiállítás Főoldala
A középkori Pécs és a pécsi studium generale
Humanista és reneszánsz irodalom Pécsett
Egyházak és felekezetek együttélése Pécsett
Török világ a Mecsek alján
A jezsuiták kora
A pálosok Pécsett
A pécsi püspöki könyvtár és az irodalmi műveltség
Egyházi és világi írók a 18-19. század fordulóján
Vörösmarty „pécsi triásza”
Szepesy Ignác és a reformkori pécsi irodalmi műveltség
A pécsi színjátszás a 19. században
Ciszterci tanárok Pécsett
Koczián Sándor és Karay Ilona
Pécsi nyelvészek – Kassai József és Mátyás Flórián
Ormánságtól Terézvárig
A 19-20. századi pécsi sajtó
A pécsi sajtó újságíróinak irodalmi munkássága
Surányi Miklós
Pécsi Modernek
A Magyar Királyi Erzsébet Tudományegyetem